Markdownでは、前後を空白行で囲まれていると段落として扱われます。つまり、文章を段落分けする場合は、空行を挿入します。
通常の文章（改行）
通常の文章
のように単純に改行しただけでは、下のように段落わけされていない一つの文章のようになります。
通常の文章 通常の文章
これを段落わけするためには、間に１行分空白行を入れます。
段落1の文章
（間に空行）
段落2の文章
こうするとHTMLのソースとしては以下のようになります。
<p>段落1</p>
<p>段落2</p>
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